Yunus Aleyhisselâm, Allah-u Teâlâ tarafından Asur medeniyeti merkezlerinden Ninova ahalisini doğru yola davet için memur edilmişti.
Ninovalılar büyük bir şer ve fesat içerisinde olduklarından Allah’ın elçisinin sözlerine kulaklarını tıkadılar.

Hz. Yunus bunun üzerine çok gadaplandı, kızdı ve Allah-u Teâlâ’dan izin gelmesini beklemeden orayı terk edip kaçtı, Yafa’ya geldi, sahiplerinin Tersis’e gitmek istedikleri bir dolu gemi buldu, ücretini verdi ve gemiye bindi.

Yolculuk devam ederken büyük bir fırtına koptu, dalgalar çoğaldı; gemi batacak hale geldi. Gemiciler telâşa kapıldılar, gemiyi hafifletmek için ağır eşyaları denize atmaya başladılar. O sırada Yunus Aleyhisselâm da geminin altına inmiş uykuya dalmıştı. Kaptan durumdan haberdar edip
- «Rabbine dua et, ola ki bizi bu halden kurtarır da helak etmez» dedi. Gemidekiler,
- ‘Bize bu felâket kimin sebebiyle geldi? Bunu bilmek için aramızda kur’a atalım’, dediler, Atılan kura Hz. Yunus’a düşmüştü, bunun üzerine;
- «Anlat bize, sen ne yaptın, nereden gelip nereye gidiyorsun, hangi köyden hangi soydansın?» dediler. O vakit onlara
- «Ha ben karayı ve denizi yaratan göklerin ilâhı Rabbin kuluyum» dedi ve başından geçen hâdiseyi anlattı. Onun üzerine gemidekiler çok korktular ve «Niye öyle yaptın?» diye kendisini ayıpladılar. Sonra ona,
- «Bu denizin durulması için sana ne yapalım?» dediler. Yunus Aleyhisselâm da
- «Beni denize atın fırtına durur, çünkü bu büyük fırtına benim için oldu» diye cevap verdi.

Adamlar buna rağmen gemiyi karaya çekmek istemediler, muvaffak olamadılar. Nihayet Hz. Yunus’u tuttular, gemide bulunanların kurtulması için kendi rızasıyla denize attılar, derhal deniz duruldu. Ve büyük bir balık, Allah-ı Teâlâ’nın emriyle Hz. Yunus’u yuttu.

Yunus Aleyhisselâm balığın karnında hatasını anladığı, Rabbinden izin almadan kavmine kızıp kaçtığı için kendini çok ayıplıyor, kınıyor, pişman oluyor;
- «Allah'ım, senden başka ilâh yoktur, teşbih (zikir) ancak sanadır, muhakkak ki ben haddini aşanlardan oldum.» diye nida ediyordu. Fakat sadece burada değil, öteden beri Rabbine teşbih ile zikredicilerden olduğu için balığın karnında üç gün üç gece kaldı ki, bu Allah-u Teâlâ’nın bir peygamberini hapsedişinin bir ifadesiydi.
Allah-u Teâlâ’yı öteden beri teşbih ettiği için mahlûkatın tekrar diriliş gününe kadar burada kalması mümkün iken, kalmadı ve böyle kısa bir müddetten sonra yine Allah-u Teâlâ’nın emriyle balık tarafından açık, boş bir sahaya bırakıldı.

Yunus Aleyhisselâm balığın karnından karaya çıktığı zaman hasta bir halde idi ve Allah-u Teâlâ kendisine bir siper olarak, üzerinde bal kabağı cinsinden bur bitki bitirdi, orada istirahat etti. Daha sonra kaçtığı kavmine hakkı bildirmesi için tekrar memur edildi ki, onların nüfusu yüz bini geçiyordu. Hz. Yunus kavmini Allah’ın azabını haber vererek imana davet etti. Onlar da bunun üzerine yeis halinde iman ettiler ve bir zamana kadar ömür sürdüler.

Hz. Yunus kıssasında dikkate şayan bir husus vardır ki, o da yeis halinde imanın makbul geçmesi, yalnız Yunus Aleyhisselâm'ın kavmine mahsus olmasıdır.​